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TREC 2021 临床试验检索赛道数据
原名:TREC 2021 Clinical Trials Track。
概述
这套数据来自美国国家标准与技术研究院(NIST)主办的 TREC 2021 临床试验赛道。文档集是 ClinicalTrials.gov 在 2021-04-27 的快照,以 XML 格式分 5 个压缩包发布。查询主题是受过医学训练者编写的合成病例,形式为一段入院记录。相关性判定由俄勒冈健康与科学大学医学信息学系完成,分为符合、被排除与不相关三档。
多数临床试验招募不到预定数量的受试者。这份数据把患者与试验的匹配写成检索问题。它可用于评价系统能否按入选与排除标准,为患者找到合适的试验。三档判定把“信息不足”与“明确被排除”分开,便于分析系统在排除标准上的错误。
对人工智能学习的帮助
主题病例由医学人员编写,相关性由受过医学信息学训练的医生逐条判定,能学到 3.0 专家判断。赛道按标准 TREC 检索流程评测,以 NDCG 计分并发布判定文件,能学到 4.0 任务环境。模型可以学习对照病例描述与试验的入选、排除标准,判断患者是否符合入组条件。主题都是合成病例,只有自由文本,不含结构化病历数据。赛道没有训练划分,数据许可条款未列明。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | ClinicalTrials.gov 2021-04-27 快照,分 5 个压缩包 |
| 记录语言 | 英语 |
| 记录来源 | 合成数据、其他来源 |
| 记录单位 | 合成病例与试验登记文本 |
| 时间轴 | 不适用,无真实个体记录 |
| 结局 | 不适用,无真实个体记录 |
| 专家标注 | 有,受过医学信息学训练的医生逐条判定相关性 |
| 任务环境 | 有,NDCG 判分与官方 qrels,未设训练划分 |
样例
表:qrels2021.txt。
合成样例,非真实记录。
| 主题编号 | 固定常量 | 试验登记号 | 判定(0 不相关、1 被排除、2 符合) |
|---|---|---|---|
| 1 | 0 | — | 2 |
| 2 | 0 | — | 1 |
| 3 | 0 | — | 0 |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 公开下载 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 汇集结果由受过医学信息学训练的医生判定为符合、排除或不相关。以 NDCG 评测 |
| 已知局限 | 主题只含病历自由文本描述,不含结构化 EHR 数据 |
所属话题
- 特殊话题 › 临床试验数据
出处
https://trec.nist.gov/data/trials2021.html;https://trec-cds.org/2021.html。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队