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百万退伍军人计划(MVP)
原名:Million Veteran Program(MVP)。
概述
百万退伍军人计划由美国退伍军人事务部(VA)研究与发展办公室主持,2011 年开始招募。截至 2023 年 11 月,入组退伍军人超过 1,000,000 人。项目收集问卷、血样与组学数据,并链接 VA 电子病历中的诊断、操作、检验、处方和临床笔记。100 余万份样本完成定制芯片分型,其中 650,000+ 份已清洗可供研究,全基因组测序已完成约 190,000 份,102,000 份可供研究。
研究者用它做基因与疾病的关联研究,表型由 VA 病历定义。经申请可链接国家死亡索引的死亡日期与死因,以及 CMS 在 VA 以外的住院和门诊记录,可研究长期结局。人群中逾 25% 来自少数族裔,可补充以欧洲裔为主的样本库。
对人工智能学习的帮助
它把问卷、组学与 VA 全国医疗系统的纵向病历接在一起,属于 1.0 临床真实一层。模型可以从中学习基因型、生活方式与多年诊疗记录之间的关联。表型定义以算法形式存入 CIPHER 知识库,没有患者级专家标注,也未见评测任务。个体级数据只对获联邦资助的 VA 研究项目开放,须在 VA 防火墙内分析。女性只占 10% 余,结论用于女性人群时要谨慎。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 截至 2023 年 11 月入组退伍军人逾 1,000,000 名 |
| 记录来源 | 研究方案采集、诊疗过程、医保与保险理赔 |
| 记录单位 | 个体与汇总统计 |
| 时间轴 | 纵向,以 VA 全国电子病历为表型基础,可链接 CMS 记录 |
| 结局 | 可链接 National Death Index 的死亡日期与死因,随访年限未写 |
| 专家标注 | 无,仅规则表型 |
| 任务环境 | 未列明,数据仅供获批项目在 VA 环境内分析 |
数据结构
表:phs001672.pha004662.txt(dbGaP 公开汇总结果,分析名 HDL)。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
SNP ID |
位点编号 | Marker accession,如 rs 编号 |
P-value |
关联检验 P 值 | 数值 |
Chr ID |
染色体号 | 染色体编号 |
Chr Position |
染色体位置 | 整数;基因组版本 38 |
Allele1 |
基因组等位基因 1 | 碱基 |
/β/ |
回归系数绝对值 | 数值 |
SE |
回归系数标准误 | 数值 |
Coded Allele |
编码等位基因 | 碱基 |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | 未写许可名,dbGaP 汇总统计须遵守 Data Use Certification |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 个体级数据仅限 VA 研究者经资助渠道申请,汇总统计经 dbGaP 授权访问 |
| 中国可用性 | 个体级数据仅向 VA 研究者开放 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 数据集中收集、清洗与整理,基因型与测序数据经质控后发布。表型定义统一存入公开的 CIPHER 知识库 |
| 已知局限 | 个体级数据仅限 VA 研究者且须联邦资助项目。部分组学数据仍在处理中。人群为 VA 医疗使用者,女性约占 10% 余 |
所属话题
- 特殊话题 › 人群队列与生物样本库
- 话题:慢性心力衰竭
- 话题:慢性阻塞性肺疾病
- 话题:2 型糖尿病并发症筛查与管理
- 话题:2 型糖尿病的降糖药物治疗
- 话题:晚期肿瘤的姑息治疗
- 话题:阿尔茨海默病
- 话题:帕金森病
出处
https://www.mvp.va.gov/;https://www.mvp.va.gov/pwa/discover-mvp-data;https://www.mvp.va.gov/pwa/mvp-data-available-research;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs001672.v14.p1。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队