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MIMIC-III 出院小结医疗决策标注数据集(MedDec)
原名:MedDec。
概述
这份数据由马萨诸塞大学洛厄尔分校与麻省理工学院的作者发布,托管在 PhysioNet。它对 MIMIC-III 中 451 份出院小结做了医疗决策片段标注,涉及 419 名患者、逾 54,000 个句子、约 140 万 token。决策按 DICTUM 分类体系分为 10 类,患者覆盖 11 种表型。发布内容只有标注,出院小结原文要另从 MIMIC-III 取得。
出院小结记下了住院期间的诊断、用药、检查与随访安排等决定。这份标注可用于研究医生决策在病历文本里如何表述、如何分布。它也可用于比较不同性别、种族和英语熟练程度患者的决策记录差异。数据按训练 350 份、验证 53 份、测试 48 份划分。
对人工智能学习的帮助
它取自真实出院小结,属于 1.0 临床真实一层。它也能学到 3.0 专家判断,两名受训医学生全量标注,分歧由一名医师裁决,Cohen's κ 为 0.74。模型可以从中学习在长篇病历里定位决策片段,并判断它属于哪一类决策。标注只到片段级,没有结局字段,模型学不到决策是否恰当。测试集未随首发版本发布,评测细则当时也未公布。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 451 份出院小结、419 名患者,10 类决策 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 一份出院小结 |
| 时间轴 | 纵向,部分患者有多次住院的出院小结 |
| 结局 | 无结局字段 |
| 专家标注 | 有,两名医学生全量标注,医学博士裁决分歧 |
| 任务环境 | 有,固定划分 350/53/48 份,测试集待共享任务后公开 |
数据结构
表:标注 JSON 文件(每份出院小结一个)。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
annotator_id |
标注者编号 | 编号 |
discharge_summary_id |
出院小结唯一标识 | [SUBJECT_ID][HADM_ID][ROW_ID] |
annotations |
标注片段列表 | 数组 |
start_offset |
片段起始字符位置 | 字符索引 |
end_offset |
片段结束字符位置 | 字符索引 |
category |
医疗决策类别 | DICTUM 分类中的 10 类之一 |
decision |
标注片段的文本 | 文本 |
annotation_id |
每条标注的唯一标识 | 编号 |
样例
表:标注 JSON 文件(每份出院小结一个)。
合成样例,非真实记录。
| 出院小结标识 | 标注者编号 | 标注编号 | 片段起点 | 片段终点 | 决策类别 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1001_100001_20001 | 1 | 1 | 1180 | 1236 | Drug |
| 1001_100001_20001 | 1 | 2 | 1502 | 1571 | Gathering information |
| 1001_100001_20001 | 1 | 3 | 2210 | 2265 | Contact related |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须通过凭证审核、完成 CITI 培训并签数据使用协议 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 依 DICTUM 分类体系全量人工标注,Cohen's Kappa=0.74。标注未使用任何自动方法 |
| 已知局限 | 测试集 48 份首发版本未含,待共享任务结束后公开。评测细则当时尚未公布 |
所属话题
- 医疗工作流程 › 病历文本标注与抽取
出处
https://physionet.org/content/meddec/1.0.0/;https://physionet.org/content/meddec/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队