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EHRXQA 电子病历与胸片多模态问答数据集
原名:EHRXQA: A Multi-Modal Question Answering Dataset for Electronic Health Records with Chest X-ray Images。
概述
EHRXQA 由韩国科学技术院与微软研究院等单位的研究者构建,托管于 PhysioNet。它以 MIMIC-IV 结构化病历和 MIMIC-CXR 胸片为底,按 417 个模板生成 46,152 个问答样本。样本分训练 36,174 个、验证 5,170 个与测试 4,808 个,前两者依托 800 名患者的 silver 库,测试依托 400 名患者的 gold 库。按所需信息分,图像类 16,366 个,表格类 16,529 个,图像加表格类 13,257 个。
临床医生查阅病历时,常要同时看检验、用药和胸片。这份数据把这类问题写成自然语言问句,并配上可执行的 SQL 或 NeuralSQL 查询与答案。它可用于评价问答系统能否跨表格和影像检索同一患者的信息。问句含“去年”“本月”等相对时间,也可检验系统对病程时间的理解。
对人工智能学习的帮助
问答依托 MIMIC 患者的住院与胸片记录,属于 1.0 临床真实一层。问题模板经一名神经外科专科医师审核,查询语句由四名研究生人工标注,能学到 3.0 专家判断。模型可以学习把临床问句拆成表格查询和胸片判读两步,再合并作答。图像问题受 Chest ImaGenome 标签范围所限,答不了肿瘤大小这类细致的视觉问题。数据不含无法回答的问题,患者只来自 MIMIC,结果外推要谨慎。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 46,152 个问答样本、417 个模板 |
| 记录语言 | 英语 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 问答对 |
| 时间轴 | 纵向,问答基于同一批患者的住院与胸片记录 |
| 专家标注 | 有,神经外科医师审模板,四名研究生手工标注查询 |
| 任务环境 | 有,固定训练、验证、测试划分,评测脚本未写 |
数据结构
表:train.json/valid.json/test.json。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
db_id |
对应的数据库 ID | string;如 mimic_iv_cxr |
split |
样本所属子集 | string;train、valid 或 test |
question |
改写后的问句 | string |
template |
注入真实库值后的最终问句模板 | string |
query |
问句对应的查询语句 | NeuralSQL 或 SQL |
is_impossible |
该问句能否依据数据作答 | boolean |
answer |
答案列表 | 字符串列表;无答案时为空列表 |
样例
表:train.json。
| 数据库 | 子集 | 问句 | 查询语句 | 是否无法作答 | 答案 |
|---|---|---|---|---|---|
| mimic_iv_cxr | train | how many days have passed since the last chest x-ray of patient — depicting any anatomical findings in 2105? | select 1 * ( strftime('%j',current_time) - strftime('%j',t1.studydatetime) ) from ( select tb_cxr.study_id, tb_cxr.studydatetime from tb_cxr where tb_cxr.study_id in ( select distinct tb_cxr.study_id from tb_cxr where tb_cxr.subject_id = — and strftime('%y',tb_cxr.studydatetime) = '2105' ) ) as t1 where func_vqa("is the chest x-ray depicting any anatomical findings?", t1.study_id) = true | False | [...] |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须通过凭证审核、完成 CITI 培训并签数据使用协议 |
| 中国可用性 | 须 PhysioNet 认证并签数据使用协议,未列明国别限制 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 问题模板经神经外科医生审核,查询由四名研究生手工标注。大语言模型改写的问句经人工复核 |
| 已知局限 | 基于 MIMIC,外推性有限。不能回答肿瘤大小等细致视觉问题。不含无法回答的问题 |
所属话题
- 医疗工作流程 › 病历问答与推理
出处
https://physionet.org/content/ehrxqa/1.0.0/;https://github.com/baeseongsu/ehrxqa;https://physionet.org/content/ehrxqa/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队