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EHR-ReasonCon 临床笔记与结构化表一致性验证数据集
原名:EHR-ReasonCon: Reasoning-Intensive Consistency Verification Between Clinical Notes and Structured Tables in Electronic Health Records。
概述
这份数据由韩国科学技术院(KAIST)等机构的作者整理,托管于 PhysioNet。作者在 105 份 MIMIC-III 成人 ICU 临床笔记上标注了 8,042 个锚定实体。笔记包括出院小结 38 份、医生记录 33 份、护理记录 34 份。每个实体都对照 14 张 MIMIC-III 结构化表,判定为一致 5,847 个、不一致 2,195 个。
病历里的文字记录与结构化记录常有出入,例如检验值或记录时间写得不一样。这份数据可用于研究病历文本与结构化数据之间的一致性。它也可用于检验自动检查病历质量的方法。
对人工智能学习的帮助
它属于 1.0 临床真实一层,笔记与表格都来自真实 ICU 住院。八名受训标注者按四名临床专家参与制定的规程逐个判定,疑难交医生判断,能学到 3.0 专家判断。模型能从中学习在笔记与多张表之间来回查证,判断一个数值或事件有没有记录支持。实体识别与一致性标签的标注者间一致性分别为 0.897 与 0.888,数据按 4:1 分为测试集与验证集,未附评分脚本。规模只有 105 份笔记,只覆盖成人 ICU 记录。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 105 份临床笔记、8,042 个锚定实体 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 临床笔记与实体 |
| 时间轴 | 单次,每份笔记对应一次住院 |
| 结局 | 无结局字段,只有实体级一致性标签 |
| 专家标注 | 有,八名受训标注者按临床专家参与的规程双人标注 |
| 任务环境 | 有,测试集与验证集按 4:1 划分,未给评分脚本 |
数据结构
表:EHRReasonCon_{hadm_id}_data.json。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
data |
笔记中提取的取值及其对应的表项与列 | 对象,如 {'labevents': {'valuenum': '1.4'}} |
label |
实体的一致性标签 | consistent/inconsistent |
entity_type |
核验类型 | 1 数值,2 可核实事件,3 字符串或分类值 |
position |
实体在笔记中的行号 | 整数 |
table |
作为证据的主要结构化表 | 表名,如 chartevents |
evidence_row_ids |
作为证据的表记录 ROW_ID | 列表 |
inconsistent_columns |
不一致实体出现差异的列 | 如 charttime、valuenum |
almost_consistent |
两边取值是否仅有可忽略差异 | Yes/No |
样例
表:EHRReasonCon_{hadm_id}_data.json。
合成样例,非真实记录。
| 一致性标签 | 核验类型 | 笔记中行号 | 证据表 | 不一致的列 | 是否仅有可忽略差异 |
|---|---|---|---|---|---|
| consistent | 1 | 14 | labevents | — | No |
| inconsistent | 1 | 27 | chartevents | valuenum | Yes |
| inconsistent | 2 | 41 | prescriptions | startdate | No |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须通过凭证审核、完成 CITI 培训并签数据使用协议 |
| 中国可用性 | 须个人通过凭证审核并签协议,未列明国别限制 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 每份笔记两人独立标注,疑难交医生判断。实体识别一致性 0.897,标签一致性 0.888 |
| 已知局限 | 局限于成人 ICU 记录,仅 105 份笔记。官方建议用语义级而非精确字符串匹配评测 |
所属话题
- 医疗工作流程 › 病历文本标注与抽取
出处
https://physionet.org/content/ehr-reasoncon/1.0.0/;https://physionet.org/about/faqs/;https://physionet.org/content/ehr-reasoncon/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队