真实世界数据研究专区 · 数据集
DrugEHRQA 电子病历用药问答数据集
原名:DrugEHRQA: A Question Answering Dataset on Structured and Unstructured Electronic Health Records For Medicine Related Queries。
概述
这份数据由佛罗里达大学与得克萨斯大学休斯敦健康科学中心的作者发布。PhysioNet 上的结构化部分有 41,417 组三元组,每组由自然语言问题、SQL 查询和答案组成,按 9 类问题模板生成。问题针对 MIMIC-III 一次住院的用药记录,涉及剂量、剂型、给药途径与用药原因。出院小结部分放在 n2c2 仓库,两部分合并后逾 70,000 个问答对。
临床医生和研究者常要从病历里查某位患者用过什么药、剂量多少。这份数据可用于研究把自然语言问题转成数据库查询的方法。它同时覆盖结构化表和出院小结,可用于比较两类来源给出的答案是否一致。
对人工智能学习的帮助
它取自 MIMIC-III 的真实住院用药记录,属于 1.0 临床真实一层。每个问题配有可执行的 SQL,模型能学到 2.0 规则语义,即药物、剂量、途径等信息在库表中的结构。作者为每个模板人工改写 3 个同义问法,并人工抽查 500 条答案,能学到一部分 3.0 专家判断。问题和答案由模板自动生成,问法单一,与真实临床提问有差距。数据只涉及用药问题,也没有给出划分和评测指标。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 41,417 组问题、SQL 与答案三元组 |
| 记录语言 | 英语 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 问答三元组 |
| 时间轴 | 单次,每个问题针对一次住院的用药记录 |
| 结局 | 无结局字段 |
| 专家标注 | 有,作者人工改写同义问法并抽查 500 条答案 |
| 任务环境 | 未列明 |
样例
表:query5.csv(Dosage-Drug 模板)。
合成样例,非真实记录。
| 自然语言问题 | SQL 查询 | 结构化答案 |
|---|---|---|
| What is the dosage of METOPROLOL prescribed to the patient with admission ID 100001 | SELECT PRESCRIPTIONS.DOSE_VAL_RX, PRESCRIPTIONS.DOSE_UNIT_RX FROM PRESCRIPTIONS WHERE PRESCRIPTIONS.HADM_ID = 100001 AND PRESCRIPTIONS.DRUG = "METOPROLOL" | (25MG) |
| What is the dosage of FUROSEMIDE prescribed to the patient with admission ID 100002 | SELECT PRESCRIPTIONS.DOSE_VAL_RX, PRESCRIPTIONS.DOSE_UNIT_RX FROM PRESCRIPTIONS WHERE PRESCRIPTIONS.HADM_ID = 100002 AND PRESCRIPTIONS.DRUG = "FUROSEMIDE" | (40MG,20MG) |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须通过凭证审核、完成 CITI 培训并签数据使用协议,非结构化部分另从 n2c2 获取 |
| 中国可用性 | 未写地域限制,个人须过凭证审核,不得共享访问 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 用模板与槽位填充自动生成问题和 SQL。人工抽查 500 条答案核对 |
| 已知局限 | 仅限用药相关问题。非结构化部分须从 n2c2 下载并用脚本合并 |
所属话题
- 医疗工作流程 › 病历问答与推理
出处
https://physionet.org/content/drugehrqa/1.0.0/;https://physionet.org/content/drugehrqa/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队