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Chest ImaGenome 胸片场景图数据集
原名:Chest ImaGenome Dataset v1.0.0。
概述
Chest ImaGenome 由 IBM Research、伦斯勒理工学院等机构的 13 位作者建立,托管于 PhysioNet。它在 MIMIC-CXR 的基础上,为 242,072 张正位胸片生成场景图,这些胸片来自 217,013 份报告。场景图覆盖 29 个解剖部位与属性间的 1,256 种关系组合,另有超过 670,000 条跨检查的比较关系。其中 500 名患者的 1,000 张图像有人工标注的金标准。
放射报告常以前后片对比描述病情变化,这份数据把这种对比落到具体解剖部位。研究者可以用它做胸片异常的部位定位、报告生成与病情变化判断。按患者划分的训练、验证与测试集,便于不同方法之间比较。
对人工智能学习的帮助
胸片与报告来自诊疗过程,属于 1.0 临床真实一层;属性映射到 UMLS 概念编码,属于 2.0 规则语义一层。500 名患者的金标准由医生验证并纠正,能学到 3.0 专家判断。固定划分与评估脚本给出精确率、召回率、F1 与 IoU,属于 4.0 任务环境一层。模型可以从中学习把报告里的发现落到胸片上的具体部位,并判断与前片相比是好转还是加重。其余 24 万余张图像的标签为自动生成,报告没有提到的属性不等于正常。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 242,072 张正位胸片的场景图、217,013 份报告、金标准 500 名患者 |
| 记录语言 | 英语 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 一张正位胸片 |
| 时间轴 | 纵向,同一患者按时间排序的多次胸片间有比较关系 |
| 结局 | 无结局字段 |
| 专家标注 | 有,医生对 500 名患者的关系标注做验证与纠正,其余为自动标签 |
| 任务环境 | 有,按患者固定划分,附金标准评估代码 |
数据结构
表:scene_graph.zip 中的场景图 JSON(silver_dataset)。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
image_id |
图像编号,即 MIMIC-CXR 的 dicom_id | 字符串 |
viewpoint |
投照体位 | AP 或 PA |
study_id |
检查编号,同 MIMIC-CXR | 整数 |
age_decile |
年龄十岁分段 | 字符串,如 '50-60' |
reason_for_exam |
报告中的检查原因句,已去年龄 | 字符串 |
StudyOrder |
该患者检查的时间顺序 | 整数 |
objects |
解剖部位及其边界框列表 | 字典列表 |
attributes |
各解剖部位的属性关系列表 | 字典列表 |
样例
表:场景图 JSON(按解剖部位展开)。
合成样例,非真实记录。
| 投照体位 | 年龄十岁分段 | 检查时间顺序 | 解剖部位 | 属性关系 | 与前片比较 |
|---|---|---|---|---|---|
| AP | 60-70 | 1 | right lung | anatomicalfinding/yes/lung opacity | — |
| AP | 60-70 | 2 | right lung | anatomicalfinding/yes/lung opacity | comparison/yes/improved |
| PA | 60-70 | 3 | cardiac silhouette | nlp/yes/normal | comparison/yes/no change |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须为 PhysioNet 凭证用户、完成 CITI 培训并签数据使用协议 |
| 中国可用性 | 须 PhysioNet 凭证、CITI 培训并签数据使用协议,未列明国别限制 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 医生标注 500 名患者的金标准集,含 1,000 张图像边界框双人标注。给出关系抽取与边界框的精确率、召回率、F1 与 IoU |
| 已知局限 | 标注为自动生成,受自然语言处理与边界框流程性能限制。放射科医生不在每次检查中描述全部相关属性。每名患者首次检查的比较关系未纳入 |
所属话题
- 检验、影像与病理判读 › 胸部影像与放射报告
出处
https://physionet.org/content/chest-imagenome/1.0.0/;https://physionet.org/content/chest-imagenome/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队