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2019 年 PhysioNet/CinC 挑战赛脓毒症早期预测数据集
原名:Early Prediction of Sepsis from Clinical Data: The PhysioNet/Computing in Cardiology Challenge 2019。
概述
这份数据来自 2019 年 PhysioNet/Computing in Cardiology 挑战赛,患者来自 Beth Israel Deaconess 医学中心与埃默里大学医院。公开训练集收录 40,336 名 ICU 患者,其中训练集 A 20,336 名、训练集 B 20,000 名。每名患者一个文件,每行是一个小时的记录,含 8 项生命体征、26 项检验、6 项人口学变量和脓毒症标签。另有 24,819 名患者作为隐藏测试集,未公开。
脓毒症识别得越早,抗感染与复苏治疗就能越早开始。这份数据按 Sepsis-3 定义生成逐小时标签,发病前 6 小时起记为 1。它可用于研究脓毒症发病前生命体征与检验的变化。挑战赛还给出按临床效用计分的评分函数,可用于比较不同的早期预警算法。
对人工智能学习的帮助
它是 ICU 逐小时的真实监测与检验记录,属于 1.0 临床真实一层。挑战赛给定公开训练集、隐藏测试集与效用函数评分代码,能学到 4.0 任务环境。模型可以学习在缺测普遍的时间序列中提前识别脓毒症,评分按预警是否及时给分。标签由 Sepsis-3 规则自动生成,没有另做的专家判定,数据中刻意保留了缺失与错误值。挑战赛结果显示,跨医院系统的泛化仍是难题。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 公开训练集 40,336 名 ICU 患者,逾 250 万个小时窗 |
| 记录语言 | 无自由文本 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 一次 ICU 住院 |
| 时间轴 | 单次,一次 ICU 住院的逐小时记录,最长 2 周 |
| 结局 | ICU 期间按 Sepsis-3 定义生成的逐小时脓毒症标签,无随访 |
| 专家标注 | 无,仅自动标签 |
| 任务环境 | 有,固定划分、效用函数评分脚本与排行榜 |
数据结构
表:training/p00101.psv 等逐患者文件。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
HR |
心率 | beats per minute |
O2Sat |
脉搏血氧饱和度 | % |
MAP |
平均动脉压 | mm Hg |
Lactate |
乳酸 | mg/dL |
Age |
年龄 | Years;90 岁及以上记为 100 |
Gender |
性别 | Female (0) 或 Male (1) |
ICULOS |
入 ICU 后的小时数 | hours since ICU admit |
SepsisLabel |
脓毒症标签 | t ≥ t_sepsis − 6 时为 1,否则为 0 |
样例
表:training_setA/p000001.psv。
| 心率 | 脉搏血氧饱和度 | 收缩压 | 平均动脉压 | 呼吸频率 | 年龄 | 性别 | 入院至入 ICU 小时数 | 入 ICU 后小时数 | 脓毒症标签 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 97 | 95 | 98 | 75.33 | 19 | 83.14 | 0 | -0.03 | 2 | 0 |
| 89 | 99 | 122 | 86 | 22 | 83.14 | 0 | -0.03 | 3 | 0 |
| 90 | 95 | NaN | NaN | 30 | 83.14 | 0 | -0.03 | 4 | 0 |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | Creative Commons Attribution 4.0 International Public License |
| 商用 | 是,署名即可 |
| 申请 | 公开下载 |
| 中国可用性 | 任何人遵守许可即可访问 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 以 Sepsis-3 规则统一定义发病时刻并生成逐小时标签。论文报告各医院变量密度与分布差异 |
| 已知局限 | 缺失与错误值被有意保留。第三家医院数据与测试集未公开。跨医院系统的泛化仍是难题 |
所属话题
- 急危重症 › 脓毒症
出处
https://physionet.org/content/challenge-2019/1.0.0/;https://physionet.org/files/challenge-2019/1.0.0/physionet_challenge_2019_ccm_manuscript.pdf;https://physionet.org/content/challenge-2019/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队