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DANDI 神经生理数据档案库(DANDI Archive)
原名:DANDI Archive。
概述
DANDI 档案库是神经生理数据的公共仓储,由 DANDI 项目维护,受美国脑计划(BRAIN Initiative)支持。它收存细胞电生理、光学生理、行为时间序列与影像等数据,以动物实验为主。库内共有 1,211 个 Dandiset,其中 465 个已正式发布,总量约 2.5 PB。数据须使用 NWB、BIDS 等标准格式,按实验对象与记录会话存放。
神经科学实验的数据量大、格式杂,跨实验室复用很难。DANDI 用统一格式和元数据规范收存这些数据,研究者可以下载他人数据做再分析或重复验证。每个 Dandiset 都有带版本的持久标识符,便于在论文中引用。
对人工智能学习的帮助
它是研究型实验数据仓储,不来自临床诊疗,不落在 1.0 至 4.0 任何一层规则里。模型可以借标准化的 NWB 文件,学习神经元活动与行为、刺激之间的关系。仓储层面没有统一的结局字段和专家标注,标签由各上传方决定。数据按原样提供,质量由上传方负责,使用前要逐个数据集检查。人类数据所占比例未列明,用于临床相关模型前要先确认来源。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 1,211 个 Dandiset,约 2.5 PB |
| 记录语言 | 英语 |
| 记录来源 | 研究方案采集 |
| 记录单位 | 实验对象与记录会话 |
| 任务环境 | 无 |
数据结构
表:Dandiset(dandischema 元数据模型)。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
identifier |
可经 identifiers.org 解析的 Dandiset 编号 | DANDI 标识符 |
name |
Dandiset 标题 | str |
description |
Dandiset 描述 | str |
contributor |
贡献该数据集的个人或机构 | List[Person 或 Organization] |
license |
许可协议,仅支持部分知识共享许可 | List[LicenseType],至少一项 |
ethicsApproval |
伦理审批信息 | List[EthicsApproval],可选 |
assetsSummary |
由文件自动汇总的资产统计 | AssetsSummary,只读,含 numberOfSubjects 等 |
dateCreated |
创建时间 | datetime,可选 |
样例
表:Dandiset 元数据(公开接口)。
| 编号 | 标题 | 许可 | 物种 | 实验对象数 | 文件数 |
|---|---|---|---|---|---|
| DANDI:000003 | Physiological Properties and Behavioral Correlates of Hippocampal Granule Cells and Mossy Cells | spdx:CC-BY-4.0 | House mouse | 16 | 101 |
| DANDI:000004 | A NWB-based dataset and processing pipeline of human single-neuron activity during a declarative memory task | spdx:CC-BY-4.0 | Human | 59 | 87 |
| DANDI:000005 | Electrophysiology data from thalamic and cortical neurons during somatosensation | spdx:CC-BY-4.0 | House mouse | 55 | 148 |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | CC-BY-4.0 或 CC0-1.0,由上传者选定 |
| 商用 | 是 |
| 申请 | 公开下载,禁运期数据集仅对所有者与合作者开放 |
| 中国可用性 | 任何在库范围内工作的人均可注册为用户,未列明国别限制 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 只接受 NWB、BIDS 等标准格式并提供校验工具。数据集带版本化持久标识符 |
| 已知局限 | 数据按原样提供,质量由上传方负责。仅收神经生理研究数据 |
所属话题
- 神经系统疾病 › 神经电生理
出处
https://dandiarchive.org/;https://about.dandiarchive.org/;https://api.dandiarchive.org/api/stats/;https://docs.dandiarchive.org/user-guide-sharing/data-licenses/;https://docs.dandiarchive.org/introduction/;https://docs.dandiarchive.org/terms-policies/terms/;https://docs.dandiarchive.org/terms-policies/policies/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队