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麻省总布莱根抗菌药物耐药微生物数据集(ARMD-MGB)
原名:Antibiotic Resistance Microbiology Dataset Mass General Brigham。
概述
这份数据由哈佛医学院等机构的研究者整理,托管在 PhysioNet。它收录美国新英格兰地区 Mass General Brigham 体系 12 家医院的成人微生物培养记录,时间为 2015—2024 年。数据涉及逾 225,000 名成人患者、逾 970,000 份尿、血或呼吸道培养。每份培养记有病原体、药敏结果与耐药表型,并能关联人口学、合并症、既往用药与既往培养。
医院感染与耐药监测常要看某类病原体对某种抗菌药的耐药率如何随时间变化。这份数据跨十年、覆盖多家医院,可用于描述耐药流行趋势。它把既往抗菌药暴露与随后的培养结果连在一起,可用于研究用药史与耐药的关系。数据同时给出实验室判读与按 CLSI M-100(2022 版)统一重判的表型,便于跨年份比较。
对人工智能学习的帮助
它是多家医院真实送检的培养与药敏记录,属于 1.0 临床真实一层。模型可以从中学习病原体、标本部位、既往用药与耐药表型的对应,在药敏结果出来前预测耐药。耐药表型由实验室判读和折点规则产生,没有为研究另做的专家标注。数据未列明死亡等结局,模型只能预测药敏,不能评估治疗效果。数据只来自新英格兰地区,十年间检测平台也有变化,用于其他地区前要另做验证。
记录形态
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 规模 | 逾 225,000 名成人患者、逾 970,000 份微生物培养 |
| 记录语言 | 无自由文本 |
| 记录来源 | 诊疗过程 |
| 记录单位 | 患者、就诊与培养 |
| 时间轴 | 纵向,同一患者在 12 家医院可有多次就诊与培养,跨度 2015—2024 年 |
| 结局 | 无结局字段 |
| 专家标注 | 无,药敏表型由实验室判读并按折点规则重判 |
| 任务环境 | 无 |
数据结构
表:microbiology_cohort_deid_tj.csv。
| 字段 | 含义 | 类型或取值 |
|---|---|---|
culture_description |
培养的身体部位 | Categorical |
organism |
临床微生物实验室给出的病原体名称 | Categorical |
neg_cx |
培养是否阴性 | Binary,X / NA |
has_AST |
是否做了药敏试验 | Binary,X / NA |
AST_code |
受试抗菌药的三字母代码 | Categorical |
AST_inequality |
药敏结果所用的比较符 | < / <= / > / >= / = |
AST_val1 |
药敏面板测得的半定量值 | Numerical,单位不一 |
CLSI_2022_pheno |
按 2022 版 CLSI M-100 判定的表型 | Susceptible / Intermediate / Resistant / Other |
样例
表:microbiology_cohort_deid_tj.csv。
合成样例,非真实记录。
| 患者编号 | 培养编号 | 是否做药敏 | 抗菌药代码 | 抗菌药名称 | 比较符 | 药敏测定值 | CLSI 2022 表型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10234 | 45871 | X | CRO | Ceftriaxone | >= | 64 | Resistant |
| 10234 | 45871 | X | FEP | Cefepime | = | 16 | Resistant |
| 10234 | 45871 | X | TZP | Piperacillin-tazobactam | <= | 4 | Susceptible |
获取
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 许可 | PhysioNet Credentialed Health Data License 1.5.0 |
| 商用 | 未列明 |
| 申请 | 须为 PhysioNet 凭证用户、完成 CITI 培训并签数据使用协议 |
质量与局限
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 维护方口径 | 同时给出实验室判读表型与按 CLSI M-100 统一折点重判的表型。附全表数据字典 |
| 已知局限 | 数据仅来自新英格兰地区,耐药模式可能与其他地区不同。十年间临床实践与检测平台变化可能影响检出率 |
所属话题
- 感染性疾病 › 医院感染与抗菌药物耐药
出处
https://physionet.org/content/armd-mgb/1.0.0/;https://physionet.org/content/armd-mgb/view-license/1.0.0/。
审校:数巨有谱真实数据研究团队|编辑:数巨有谱AI团队